选择性启动子: 肝癌发生发展机制和诊断新视角

我们非常认同您关于癌症(包括肝癌)基因组的甲基化是一个非常复杂的问题的观点。我们思考，如果从选择性启动子的角度对基因组的甲基化进行研究，或许能帮助我们进一步理解癌症的发生发展机制。

随着癌症研究的进展，我们进入了精准医学大数据时代。高通量数据分析能够帮助我们筛选出在肿瘤中发生显著变化的基因和与之相关的信号通路。这对于研究肿瘤发生发展以及对诊断、治疗和新药开发等重要医学问题产生了巨大推动作用。

在2019年，CELL发表了一篇基于泛癌选择性启动子的研究，并开发出了一种简易可靠的启动子活性算法proactiv。该文章已被后续大量研究引用。我们的论文采用了这一算法，系统性分析了肝细胞癌中启动子活性的变化，并阐述了选择性启动子对应的基因可能在肝癌的发展中起到作用。聚类分析结果显示，能够显著区分肿瘤和正常组织；富集分析结果显示，其中包含的基因能够富集到与肿瘤相关的通路；此外，我们还发现了79个已验证的癌基因，如RASSF1、MET、RARA等。此外，通过LASSO算法，我们获得了与肿瘤诊断密切相关的6个mrAPs，并构建了性能良好的诊断模型，为肝癌的诊断或早筛提供了新的备选方案。我们还探讨了选择性启动子与甲基化的相关性，为癌症发生发展提供了新的视角。