基于选择性启动子活性的肝癌发生机制研究

与基因表达不同，我们从启动子活性的角度出发，对非差异基因的选择性启动子进行了分析。这种分析方法可能有助于扩展对肝癌机制的认识。基于临床数据，我们进一步对mrAP的甲基化状态进行了生存分析，这间接支持了我们从选择性启动子活性的角度对肿瘤进行分析具有重要意义。

根据您的建议，我们进行了一系列验证实验，并将相关结果新增于结果3.7、3.8和3.9。我们选择了在已发现的基因中选择了ARAP1进行了重点验证。根据临床组织样本数据，我们发现ARAP1基因具有两个活性相反的启动子。正是由于这种'跷跷板'式的启动子活性变化，导致我们无法观察到肝癌中ARAP1基因整体表达的变化。然而，通过与甲基化的相关性分析，我们发现ARAP1的两个启动子的活性与甲基化呈显著相关。通过使用细胞系HepG2的公共CAGE数据和RT-qPCR验证，我们发现HepG2细胞在两个启动子处具有不同的启动子活性，并对应不同的转录表达丰度。我们使用BSP技术验证了HepG2细胞中不同活性启动子的甲基化状态。通过表观遗传编辑方法，我们证实了ARAP1-S的转录表达受到DNA甲基化的调控。

根据甲基化状态进行的预后分析发现，具有高甲基化状态的ARAP1-L(prmtr.61501)预后较差，而具有高甲基化状态的ARAP1-S(prmtr.61499)预后较好。我们推测肝癌中ARAP1不同启动子活性对应的转录亚型具有相反的功能。我们分别过表达ARAP1-S和ARAP1-L，并进行了细胞表型实验，结果显示ARAP1-S能显著抑制细胞的迁移和侵袭，而过表达ARAP1-L能促进细胞的迁移和侵袭。