mrAP甲基化与活性变化关系研究：基于HepG2细胞系的发现

为了进一步研究mrAP的甲基化变化与其活性改变之间的关系，我们分析了ENCODE数据库中HepG2细胞系的RNA-seq、WGBS、ATAC和DNase-seq数据，并将其与正常肝组织的启动子活性进行了比较。通过分析，我们鉴定出了334个在HepG2细胞系中特异的mrAP。为了进一步缩小研究范围，我们将这些mrAPs与HCC组织样本鉴定的mrAPs进行交集分析，最终得到了17个共有的mrAPs。

在这些共有的mrAPs中，我们特别关注了ARAP1基因。研究发现，HCC和HepG2中ARAP1基因的启动子prmtr.61499的甲基化水平显著增加，与其启动子的活性降低密切相关，并且伴随着低水平的染色质开放信号（图3 – 9 A，图 3-35 B）。为了验证这一发现，我们利用CAGE数据和RT-qPCR对HepG2 中ARAP1的两个启动子的活性状态进行了验证，结果进一步证实了上述结论（图3 – 36 B; 图3 – 37 B）。

本研究揭示了mrAP甲基化变化与活性改变之间的关系，并鉴定出ARAP1基因启动子甲基化可能是肝癌发生发展的重要机制之一。这为肝癌的诊断和治疗提供了新的潜在靶点和方向。