以下是一个使用Rosetta进行enzdes设计的脚本示例：

#!/bin/bash

设置Rosetta的路径和输入文件名

ROSETTA=/path/to/rosetta INPUT_FILE=input.pdb

运行enzdes设计

$ROSETTA/main/source/bin/enzdes.linuxgccrelease
-s $INPUT_FILE
-enzdes:cstfile cst_file.txt
-enzdes:ligandfile ligand_file.mol2
-enzdes:resfile resfile.txt
-enzdes:design
-enzdes:lig_name LIG
-enzdes:ligA_name LIGA
-enzdes:ligB_name LIGB
-enzdes:out_pdb_prefix output
-out:prefix output
-out:file:scorefile score.sc
-out:file:silent output.silent
-nstruct 10

解析输出文件

$ROSETTA/main/source/bin/extract_pdbs.linuxgccrelease
-database $ROSETTA/main/database
-in:file:silent output.silent
-out:prefix output
-out:file:scorefile score.sc
-out:file:designs designs.txt
-out:file:fullatom
-mute all

输出设计结果

echo "Design results:" cat designs.txt

输出得分结果

echo "Score results:" cat score.s