以下是一个使用RosettaScripts进行EnzDes设计的示例脚本:

<ROSETTASCRIPTS>
    <SCOREFXNS>
        <ScoreFunction name="sfxn" weights="ref2015" />
    </SCOREFXNS>

    <RESIDUE_SELECTORS>
        <ResidueSelector name="active_site" selector="residue_selector" />
    </RESIDUE_SELECTORS>

    <TASKOPERATIONS>
        <DesignAround name="design" design_shell="4.0" residue_selector="active_site" />
    </TASKOPERATIONS>

    <FILTERS>
        <EnzDes name="enzdes" scorefxn="sfxn" design="design" />
    </FILTERS>

    <MOVERS>
        <MinMover name="min" scorefxn="sfxn" />
    </MOVERS>

    <PROTOCOLS>
        <Add filter="enzdes" />
        <Add mover="min" />
    </PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>

此脚本包括以下步骤:

  1. 定义一个分数函数 sfxn
  2. 定义一个活性位点的残基选择器 active_site
  3. 定义一个 DesignAround 操作,用于在活性位点周围进行设计。
  4. 定义一个 EnzDes 过滤器,用于评估酶催化活性。
  5. 定义一个 MinMover 移动器,用于进行最小化。
  6. 定义一个协议,包括 enzdes 过滤器和 min 移动器。

您可以使用 rosetta_scripts.linuxgccrelease 命令行工具来运行此脚本。例如:

rosetta_scripts.linuxgccrelease -s input.pdb -parser:protocol script.xml -out:file:scorefile score.sc

其中,-s 参数指定输入结构,-parser:protocol 参数指定脚本文件,-out:file:scorefile 参数指定输出评分文件

我要用rosetta进行enzdes设计请给我写一个脚本示例使用rosettascripts

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