我要用rosetta进行enzdes设计请给我写一个脚本示例使用rosettascripts
以下是一个使用RosettaScripts进行EnzDes设计的示例脚本:
<ROSETTASCRIPTS>
<SCOREFXNS>
<ScoreFunction name="sfxn" weights="ref2015" />
</SCOREFXNS>
<RESIDUE_SELECTORS>
<ResidueSelector name="active_site" selector="residue_selector" />
</RESIDUE_SELECTORS>
<TASKOPERATIONS>
<DesignAround name="design" design_shell="4.0" residue_selector="active_site" />
</TASKOPERATIONS>
<FILTERS>
<EnzDes name="enzdes" scorefxn="sfxn" design="design" />
</FILTERS>
<MOVERS>
<MinMover name="min" scorefxn="sfxn" />
</MOVERS>
<PROTOCOLS>
<Add filter="enzdes" />
<Add mover="min" />
</PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>
此脚本包括以下步骤:
- 定义一个分数函数
sfxn。 - 定义一个活性位点的残基选择器
active_site。 - 定义一个
DesignAround操作,用于在活性位点周围进行设计。 - 定义一个
EnzDes过滤器,用于评估酶催化活性。 - 定义一个
MinMover移动器,用于进行最小化。 - 定义一个协议,包括
enzdes过滤器和min移动器。
您可以使用 rosetta_scripts.linuxgccrelease 命令行工具来运行此脚本。例如:
rosetta_scripts.linuxgccrelease -s input.pdb -parser:protocol script.xml -out:file:scorefile score.sc
其中,-s 参数指定输入结构,-parser:protocol 参数指定脚本文件,-out:file:scorefile 参数指定输出评分文件
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