因组DNA提取的基本原理在于利用基因组DNA较长的特性当加入一定量的甲醇基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀附于壁上及底部从而达到与细胞器或质粒等小分子DNA分离的目的。

DNA提取的基本步骤包括：细胞破碎，DNA释放，蛋白质和RNA去除，DNA纯化。其中，细胞破碎可以采用机械法、化学法等方法，将细胞膜和细胞壁破坏，使DNA释放到溶液中。蛋白质和RNA的去除可以通过加入蛋白酶和RNA酶，或采用物理法（如酚/氯仿法）去除。DNA纯化可以采用酚/氯仿法、硅胶柱层析法、离心柱法等方法，将DNA从其他杂质分离出来。最终得到的DNA可以用于PCR、测序、克隆等分子生物学实验。