虽然招拍挂招标、拍卖和挂牌是目前最主要的土地出让方式但协议出让土地使用权的现象依然存在。协议出让中双方的主体地位不对等同时也缺少外部监管。虽然法律法规对协议出让的范围做出了明确的规定但由于利益的驱使很多地方都存在着通过暗箱操作进行协议转让的现象。同时从目前的经济形势来看协议转让制度与我国实际情况不符应当逐步取消这一制度。针对特殊的用地性质和地块特点确实需要协议出让的情况在实际运作中要坚持公开、公平

尽管目前土地出让的主要方式是招标、拍卖和挂牌，但协议出让土地使用权的现象仍然存在。协议出让存在着两个问题，一是双方地位不对等，二是缺少外部监管。虽然法律对协议出让做出了规定，但仍有地方通过非法手段进行协议转让。同时，协议转让与我国实际情况不符，应逐步取消。

如果确实需要采用协议出让，应当坚持公开、公平、公正的原则，只有在招拍挂无法实现时才采用协议出让方式。同时，加强外部监管，制定协议出让的最低限价，可以有效降低隐性市场和政府行为对整体土地市场的负面影响。

随着土地出让过程的不断改进和完善，协议出让已经不适应市场经济发展，应逐渐退出，转变为公开拍卖或投标等形式进行土地使用权转让。这样可以保证土地出让的公平性和透明度，促进土地市场的健康发展。