GATK所有模块

GATK是一款广泛使用的基因组分析工具，包含以下模块：

1. Pre-processing模块：包括BaseRecalibrator、PrintReads、RealignerTargetCreator和IndelRealigner等工具，用于对测序数据进行预处理，包括错误校正、重比对和局部重比对等。

2. Variant Discovery模块：包括HaplotypeCaller、Mutect2、UnifiedGenotyper和VariantFiltration等工具，用于从测序数据中发现变异位点，包括单核苷酸变异、插入/缺失、结构变异等。

3. Variant Evaluation模块：包括VariantAnnotator和VariantRecalibrator等工具，用于对变异位点进行评估和注释，包括变异类型、基因功能、频率等。

4. Quality Control模块：包括DepthOfCoverage、CountReads和ValidateVariants等工具，用于对测序数据和变异位点进行质量控制，包括覆盖深度、样本质量等。

5. Functional Annotation模块：包括Funcotator和SnpEff等工具，用于对变异位点进行功能注释，包括基因功能、通路分析等。

6. Phylogenetics模块：包括TreeBest和PhyloCSF等工具，用于构建进化树和分析序列保守性。

7. Data Transformation模块：包括CatVariants和CombineVariants等工具，用于将多个VCF文件合并为一个文件，并进行格式转换。

8. Other Tools模块：包括FastaAlternateReferenceMaker、SelectVariants和VariantToTable等工具，用于特定的数据处理和分析任务