from rdkit import Chem from rdkitChem import AllChem sdf = ChemSDMolSupplierGRAsdf mols = i for i in sdf if ioleculemol AllChemMMFFOptimizeMoleculemol SDFfilewritemolSDFfileclose SDFfil

这个错误提示是因为在输入命令时，最后一行多输入了几个空格，导致语法错误。可以将最后一行的空格删除，然后再次运行即可。具体操作如下：

1. 删除最后一行的空格。

2. 输入以下命令：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

sdf = Chem.SDMolSupplier('GRA.sdf') 
mols = [i for i in sdf if i]

SDFfile = Chem.SDWriter('GRA_confs.sdf') 
for i,m in enumerate(mols):
    print(i)
    
    mol = AllChem.AddHs(m)
    AllChem.EmbedMolecule(mol)
    AllChem.MMFFOptimizeMolecule(mol)
    
    SDFfile.write(mol)
SDFfile.close()

3. 运行以上代码，即可生成新的SDF文件。