from rdkit import Chemfrom rdkitChem import AllChemsmi=CCCC1CCCCCCCC1m2=ChemMolFromSmilessmim2AllChemEmbedMultipleConfsm2 numConfs=20writer = ChemPDBWriter1pdbwriterwritem2writerclose如何在这段代码中添加氢原子代码
可以使用RDKit中的AddHs函数来添加氢原子。修改代码如下：
from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem
smi='CCCC1CCCC(C(C)C)C1' m2=Chem.MolFromSmiles(smi)
添加氢原子
m2 = Chem.AddHs(m2)
AllChem.EmbedMultipleConfs(m2, numConfs=20)
writer = Chem.PDBWriter('1.pdb') writer.write(m2) writer.close()
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