rosetta中 -infiles inputpdb和 -s inputpdb 有区别么

有区别。

-in:file:s input.pdb 是指定输入文件的名称和格式，告诉Rosetta使用input.pdb文件作为输入结构，但不会对文件进行任何处理。

-s input.pdb 是指定输入文件的名称和格式，同时告诉Rosetta将该文件读入作为初始结构，并在后续的计算中对其进行处理和优化。在使用-s选项时，Rosetta会自动将输入结构进行预处理，包括添加氢原子、修复缺失残基和修复侧链构象等。

因此，-in:file:s input.pdb只是告诉Rosetta输入文件的名称和格式，而-s input.pdb则会将该文件作为初始结构进行处理和优化。