Rosetta中的mediasunyingpanlinuxrosetta_bin_linux_20211661629_bundlemainsource binligand_rpkminlinuxgccrelease -ex1 -ex2 -ex1aro -extrachi_cutoff 1 -no_optH false -flip_HNQ -dockingligandold_estat -doc

这是一个Rosetta软件的命令行指令，用于进行蛋白质-配体相互作用的计算。具体含义如下：

• /media/sun/yingpan/linux/rosetta_bin_linux_2021.16.61629_bundle/main/source/bin/ligand_rpkmin.linuxgccrelease：指定要运行的Rosetta程序的路径和名称。
• -ex1 -ex2 -ex1aro -extrachi_cutoff 1：设定计算中使用的氨基酸类型和侧链构象，其中-ex1、-ex2和-ex1aro分别表示使用Rosetta的3种氨基酸类型定义，-extrachi_cutoff 1表示允许使用一个额外的侧链构象。
• -no_optH false：表示在计算过程中优化氢原子位置。
• -flip_HNQ：表示对氨基酸的氢原子进行翻转，以更好地模拟蛋白质-配体相互作用。
• -docking:ligand:old_estat -docking:ligand:soft_rep：表示使用Rosetta的经典能量函数进行配体-蛋白相互作用的计算，其中包括old_estat和soft_rep两个能量项。
• -nstruct 10：设定计算中生成的构象数目为10。
• -s 1t3r.pdb：指定输入文件为1t3r.pdb，即蛋白质-配体复合物的结构文件