Rosetta中的~rosettamainsourcebinligand_rpkminmacosgccrelease -database ~rosettamaindatabase -ex1 -ex2 -ex1aro -extrachi_cutoff 1 -no_optH false -flip_HNQ -dockingligandold_estat -dockingligandsoft_rep

这是一个Rosetta命令，用于进行配体的最小化和对接。具体含义如下：

• ~/rosetta/main/source/bin/ligand_rpkmin.macosgccrelease：指定要运行的Rosetta二进制文件的路径。
• -database ~/rosetta/main/database/：指定Rosetta数据库的路径。
• -ex1 -ex2 -ex1aro -extrachi_cutoff 1：指定要考虑的氨基酸侧链构象的范围。
• -no_optH false：指定是否进行氢原子优化。
• -flip_HNQ：指定是否对氨基酰胺、组氨酸和谷氨酰胺进行氢原子翻转。
• -docking:ligand:old_estat：指定是否使用旧版的电子静电能计算方法。
• -docking:ligand:soft_rep：指定是否使用软斥力项来模拟配体和受体之间的排斥作用。
• -nstruct 10：指定要生成的最小化和对接构象的数量。
• -s 1t3r.pdb：指定要进行最小化和对接的受体-配体复合物的PDB文件路径。