以下是如何使用grep命令在PDB文件中搜索特定数值的示例:

目标: 在/mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/complex__DE_.pdb文件中搜索一系列特定数值,并列出包含这些数值的文件名。

命令:

grep -r -l -e '-60.23' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-57.61' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-60.03' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-56.2' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-59.67' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-57.54' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-57.84' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-57.73' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-59.74' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-55.48' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-61.46' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-58.85' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-57.46' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-53.18' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-57.08' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-56.91' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-58.59' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-56.04' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-56.63' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb
grep -r -l -e '-54.16' /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_4/*/*complex__DE_83.pdb

...(重复以上命令,并将complex__DE_83替换为其他值,例如complex__DE_17, complex__DE_21等)

参数说明:

  • -r: 递归搜索目录及其子目录。
  • -l: 仅列出包含匹配项的文件名。
  • -e: 指定要搜索的模式,此处为特定数值。

注意: 将上述命令中的'-60.23'替换为您要搜索的其他数值,并将complex__DE_83替换为对应的文件名。

使用grep命令在PDB文件中搜索特定数值

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