Rosetta EnzDes 命令参数对比：包含与不包含催化残基旋转构象和设计最小化循环设置

这两个命令的区别在于第一个命令中有两行注释掉的参数（以'#'开头），而第二个命令中没有注释掉这些参数。

具体来说，第一个命令中注释掉的参数是：

• '-ex_catalytic_rot 5'，用于指定在设计时考虑与催化残基相邻的氨基酸的旋转构象的数量。
• '-design_min_cycles 2'，用于指定设计时最小化的循环数。

这些参数在第二个命令中没有被使用，因此在第二个命令中不会考虑这些特定的设置。