Rosetta的pdbedit如何使用

Rosetta的pdbedit是一个命令行工具，用于编辑PDB文件。以下是使用pdbedit的一些常见操作：

1. 添加氢原子：使用“-addH”选项添加氢原子。

$ pdbedit -addH input.pdb output.pdb

2. 删除氢原子：使用“-removeH”选项删除氢原子。

$ pdbedit -removeH input.pdb output.pdb

3. 重命名链ID：使用“-chain”选项重命名链ID。

$ pdbedit -chain A B input.pdb output.pdb

4. 重命名残基ID：使用“-res”选项重命名残基ID。

$ pdbedit -res 10 A 20 B input.pdb output.pdb

5. 旋转和平移：使用“-rotate”和“-translate”选项进行旋转和平移。

$ pdbedit -rotate x,y,z -translate x,y,z input.pdb output.pdb

6. 删除水分子：使用“-delete”选项删除水分子。

$ pdbedit -delete HOH input.pdb output.pdb

7. 修改原子坐标：使用“-set”选项修改原子坐标。

$ pdbedit -set X Y Z input.pdb output.pdb

8. 修改B因子：使用“-bfactor”选项修改B因子。

$ pdbedit -bfactor 10 input.pdb output.pdb

以上是pdbedit的一些常见用法，可以根据需要选择相应的选项进行操作