rosettasunwpmediasunyingpanlinuxenzdsenzdesdesign$ mediasunyingpanlinuxrosetta_bin_linux_20211661629_bundlemainsourcebinligand_docklinuxgccrelease dock_flags -outpathpdb workjnk_pp_1_0011 -runseed_off

根据输出信息，错误位于LigandBaseProtocol.cc的第333行，提示Pose没有jumps。建议检查输入的PDB文件是否正确，确保其包含所需的跳跃信息。如果问题仍然存在，可以尝试联系Rosetta社区或开发人员以获取帮助。

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