Rosetta打分函数详解：all_cst和SR_4_interf_E_1_2

Rosetta打分函数详解：all_cst和SR_4_interf_E_1_2

Rosetta软件是一款强大的蛋白质结构预测和设计工具，它利用各种打分函数来评估蛋白质结构的质量。本文将介绍两个常用的打分函数：'all_cst'和'SR_4_interf_E_1_2'，并解释相关指令的含义。

all_cst 和 SR_4_interf_E_1_2

在Rosetta中，'all_cst'和'SR_4_interf_E_1_2'代表不同的打分项：

• all_cst: 这是一个综合性的约束打分项，它结合了多种约束条件，例如距离约束、角度约束、二面角约束等，用于评估蛋白质结构是否满足预设的结构限制条件。* SR_4_interf_E_1_2: 这是一个基于统计势能的打分项，用于评估蛋白质-蛋白质相互作用界面处的能量。该打分项基于对已知蛋白质复合物结构的统计分析，分数越低表示界面处的相互作用越稳定。

指令解读

• 'req all_cst value < 1.0': 该指令要求'all_cst'的值必须小于1.0。这意味着Rosetta在搜索最佳结构时，会优先考虑满足所有约束条件且'all_cst'值较低的结构。* 'req SR_4_interf_E_1_2 value < -10.0': 该指令要求'SR_4_interf_E_1_2'的值必须小于-10.0。这意味着Rosetta会优先考虑蛋白质-蛋白质界面处相互作用较强的结构，即界面能量更低的结构。* 'output sortmin total_score': 该指令指示Rosetta根据'total_score'对所有生成的结构进行排序，并输出分数最低的结构。'total_score'是所有打分项的加权总和，代表蛋白质结构的整体质量。

总结

通过合理地组合使用不同的打分函数和指令，可以引导Rosetta搜索并识别出符合特定需求的蛋白质结构。 'all_cst'和'SR_4_interf_E_1_2'只是Rosetta众多打分函数中的两个例子，深入了解不同打分函数的特点和使用方法，可以更好地利用Rosetta进行蛋白质结构预测和设计。