在rosetta设计蛋白质之前我只想对一个蛋白质结构进行快速的relax不要出现ResidueTypeRestriction选项帮我写一个FastRelax的脚本
这是一个简单的FastRelax脚本,它将对输入的蛋白质结构进行快速relax,并且不使用ResidueTypeRestriction选项:
#!/usr/bin/env rosetta_scripts.linuxgccrelease
<ROSETTASCRIPTS>
<SCOREFXNS>
<ScoreFunction name="scorefxn" />
</SCOREFXNS>
<TASKOPERATIONS>
<ResfileCommandOperation name="resfile" command="NATAA" />
</TASKOPERATIONS>
<FILTERS>
<ScoreType name="total_score" scorefxn="scorefxn" />
</FILTERS>
<MOVERS>
<FastRelax name="fastrelax" scorefxn="scorefxn" />
</MOVERS>
<PROTOCOLS>
<Add mover="fastrelax" />
<Add filter="total_score" />
</PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>
要使用此脚本,请将其保存为文件(例如,fastrelax.xml),然后使用以下命令运行:
$ rosetta_scripts.linuxgccrelease -s input.pdb -parser:protocol fastrelax.xml
其中,input.pdb是您要relax的蛋白质结构文件
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