这是一个简单的FastRelax脚本,它将对输入的蛋白质结构进行快速relax,并且不使用ResidueTypeRestriction选项:

#!/usr/bin/env rosetta_scripts.linuxgccrelease

<ROSETTASCRIPTS>
    <SCOREFXNS>
        <ScoreFunction name="scorefxn" />
    </SCOREFXNS>
    <TASKOPERATIONS>
        <ResfileCommandOperation name="resfile" command="NATAA" />
    </TASKOPERATIONS>
    <FILTERS>
        <ScoreType name="total_score" scorefxn="scorefxn" />
    </FILTERS>
    <MOVERS>
        <FastRelax name="fastrelax" scorefxn="scorefxn" />
    </MOVERS>
    <PROTOCOLS>
        <Add mover="fastrelax" />
        <Add filter="total_score" />
    </PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>

要使用此脚本,请将其保存为文件(例如,fastrelax.xml),然后使用以下命令运行:

$ rosetta_scripts.linuxgccrelease -s input.pdb -parser:protocol fastrelax.xml

其中,input.pdb是您要relax的蛋白质结构文件

在rosetta设计蛋白质之前我只想对一个蛋白质结构进行快速的relax不要出现ResidueTypeRestriction选项帮我写一个FastRelax的脚本

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