rosetta蛋白质设计软件中EnzRepackMinimize name=desmin design=1 repack_only=0scorefxn_minimize=myscore scorefxn_repack=soft_rep minimize_rb=1minimize_sc=1 minimize_bb=0 cycles=3 minimize_lig=1 min_in_stages=0ba

这是一个Rosetta蛋白质设计软件中的命令，用于对蛋白质进行重构和最小化。其中包括以下参数：

• EnzRepackMinimize：表示进行酶重构和最小化。
• name：指定蛋白质的名称。
• design：表示进行设计。
• repack_only：表示只进行重构。
• scorefxn_minimize：指定最小化得分函数。
• scorefxn_repack：指定重构得分函数。
• minimize_rb：表示进行旋转键最小化。
• minimize_sc：表示进行侧链最小化。
• minimize_bb：表示进行主链最小化。
• cycles：表示进行的循环次数。
• minimize_lig：表示进行配体最小化。
• min_in_stages：表示进行分步最小化。
• backrub：表示进行后向旋转。
• task_operations：表示任务操作。
• edto：表示进行残基的去除和插入。
• limchi2：表示限制侧链二面角。
• ddg：表示计算蛋白质的ΔΔG值。
• up：表示进行氨基酸的替换。
• init：表示进行初始设计。
• catres：表示进行氨基酸残基的连接