rosetta蛋白质设计软件中AddOrRemoveMatchCsts name=cstadd cst_instruction=add_newEnzRepackMinimize name=cstopt cst_opt=1 minimize_rb=1 minimize_sc=1minimize_bb=0 cycles=1 min_in_stages=0 minimize_lig=1什么意思

这是Rosetta蛋白质设计软件中的两个命令：

1. ：这个命令用于添加新的约束条件（constraints）到蛋白质设计中。约束条件可以限制某些氨基酸残基之间的距离或角度等，以帮助优化蛋白质的构象和稳定性。

2. ：这个命令用于进行酶催化的重打包和最小化（enzymatic repacking and minimization），以优化蛋白质的构象和稳定性。其中，cst_opt=1表示使用约束条件优化，minimize_rb=1表示优化侧链的构象，minimize_sc=1表示优化主链的构象，minimize_bb=0表示不优化背景的构象，cycles=1表示进行一轮优化，min_in_stages=0表示不分阶段进行优化，minimize_lig=1表示优化配体（如果有）