rosetta蛋白质设计软件中~rosettabinrosetta_scriptslinuxiccrelease –database rosetta_database_path-nstruct 10 –jd2ntrials 1 –s inputpdb -parserprotocol make_mutationxml–extra_res_fa ligandparams make_mutationfl

这是一个Rosetta蛋白质设计软件的命令行参数和配置文件，用于进行蛋白质的突变设计和配体的设计。其中：

• -database <rosetta_database_path> 指定Rosetta数据库的路径。
• -nstruct 10 指定进行10次设计实验。
• -jd2:ntrials 1 指定每次实验只进行1次试验。
• -s <input.pdb> 指定输入的蛋白质结构文件。
• -parser:protocol <make_mutation.xml> 指定设计过程中使用的协议文件。
• –extra_res_fa <ligand.params> 指定配体的参数文件。
• @make_mutation.flags 指定其他的命令行参数和配置文件。

其中一些重要的参数包括：

• -run::preserve_header 保留输入文件的头部信息。
• -enzdes::minimize_ligand_torsions 5.0 设定配体的扭转角度最小化步长为5.0。
• -enzdes::detect_design_interface 检测设计接口。
• -score:weights ~/rosetta_database/scoring/weights/enzdes.wts 指定评分函数的权重文件。
• -packing::use_input_sc 使用输入的侧链构象。
• -packing::extrachi_cutoff 1 设定允许额外的侧链构象数目为1。
• -packing::ex1 -packing::ex2 设定允许进行1级和2级的侧链构象优化。
• -no_optH false 允许氢原子的优化。
• –correct 使用修正后的氢键参数。
• -no_his_his_pairE 不考虑组氨酸之间的氢键相互作用能量。
• -score::hbond_params correct_params 使用修正后的氢键参数。
• -nblist_autoupdate 自动更新非键连接列表。
• -lj_hbond_hdis 1.75 设定氢键中氢和受体之间的距离为1.75埃。
• -lj_hbond_OH_donor_dis 2.6 设定氢键中氢和给体之间的距离为2.6埃。

这些参数和配置文件用于指导Rosetta进行蛋白质的设计和评估