rosetta蛋白质设计软件中pathtoscriptgetFastaFromCoordspl -p designpdb -chain A designfastased -i -e DIGd $2pdbpathtoscriptmake_fragments9and3pl -verbose -nocleanup designfasta -idscaffold_pdb_code -xx aa -noh

这段代码是用于Rosetta蛋白质设计软件中进行蛋白质设计的。具体解释如下：

• /path/to/script/getFastaFromCoords.pl -p <design.pdb> -chain A > design.fasta：从设计的蛋白质PDB文件中提取序列，并将序列保存到design.fasta文件中。
• sed -i -e '/DIG/d' $2.pdb：将设计的蛋白质PDB文件中包含" DIG"的行删除。
• /path/to/script/make_fragments.9and3.pl -verbose -nocleanup design.fasta -id <scaffold_pdb_code> -xx aa -nohoms：根据设计的蛋白质序列生成9和3个氨基酸长度的碎片，保存到aa*文件中。
• ls aa* > list.txt：将生成的碎片文件名保存到list.txt文件中。
• /path/to/rosetta/rosetta_source/bin/r_frag_quality2.static.linuxgccrelease -database /path/to/rosetta_database/ -in:file:native <scaffold.pdb> –s <design.pdb> -frags list.txt：计算碎片的质量，并将结果保存到文件中。
• /path/to/script/getfragrmsave.pl aa$109_05.200_v1_3.rms > frags09.stats：从碎片质量文件中提取RMSD值，并将结果保存到frags09.stats文件中