rosetta蛋白质设计软件中~rosettabinrosetta_scriptsstaticlinuxiccrelease -nstruct 1 -jd2ntrials 1-parserprotocol RosettaScripts_protocolxml –database rosetta_database_path-outoverwrite –s inputpdb ligdesflagsli

这是一条命令行，用于在Rosetta蛋白质设计软件中运行一系列指令，以设计蛋白质-配体相互作用界面。其中，-nstruct 1表示只生成一个构象；-jd2:ntrials 1表示只进行一次设计尝试；-parser:protocol <RosettaScripts_protocol.xml>表示使用RosettaScripts协议文件进行设计；-database <rosetta_database_path>指定Rosetta数据库路径；-out::overwrite表示覆盖已有输出文件；-s <input.pdb>指定输入文件；@ligdes.flags表示使用ligdes.flags文件中的选项；ligdes.flags文件中的选项包括：-run::preserve_header保留输入文件头；-enzdes::minimize_ligand_torsions 5.0表示最小化配体的扭转角度；-enzdes::detect_design_interface表示检测设计界面；-enzdes::cut1 6.0、-enzdes::cut2 8.0、-enzdes::cut3 10.0、-enzdes::cut4 12.0表示四个不同的距离阈值，用于定义设计界面的四个环；-enzdes::bb_min_allowed_dev 0.05表示最小化蛋白质主链的最小允许偏差；-score:weights ~/rosetta_database/scoring/weights/enzdes.wts表示使用enzdes.wts作为打分函数的权重；-packing::use_input_sc表示使用输入文件中的侧链构象；-packing::extrachi_cutoff 1表示允许新引入的氨基酸具有一个额外的侧链构象；-packing::ex1、-packing::ex2表示使用Rosetta的两种不同的侧链构象库；-linmem_ig 10表示使用10GB的内存；-no_optH false表示对氢原子进行优化；-in:file::pssm scaffold.fasta.pssm表示使用scaffold.fasta.pssm文件中的信息；-extra_res_fa <DIG.params>表示使用DIG.params文件中的额外氨基酸参数