rosetta蛋白质设计软件中-enzdes -cst_predock -cst_design -detect_design_interface - cut1 00 -cut2 00 -cut3 80 -cut4 100 -cst_min -chi_min -bb_min -packinguse_ input_sc -packingsoft_rep_design -extrachi_cutoff

这是一组Rosetta蛋白质设计软件的命令行参数，它们指定了在进行蛋白质设计时需要使用的特定选项和参数。以下是每个参数的简要说明：

-enzdes：使用酶设计模式进行蛋白质设计。

-cst_predock：在设计之前使用约束进行预测。

-cst_design：在设计期间使用约束。

-detect_design_interface：检测设计界面。

-cut1 0.0：第一层截断半径。

-cut2 0.0：第二层截断半径。

-cut3 8.0：第三层截断半径。

-cut4 10.0：第四层截断半径。

-cst_min：在设计之后使用约束进行最小化。

-chi_min：在设计之后使用最小化修正侧链构象。

-bb_min：在设计之后使用最小化修正主链构象。

-packing::use_input_sc：使用输入侧链构象进行打包。

-packing::soft_rep_design：使用软碰撞打包。

-extrachi_cutoff 1：允许额外的氨基酸旋转。

-design_min_cycles 3：进行设计最小化的循环次数。

-ex1:level 4：使用ex1级别的侧链构象库。

-ex2:level 4：使用ex2级别的侧链构象库。

-ex1aro:level 4：使用ex1aro级别的芳香族氨基酸侧链构象库。

-ex2aro:level 4：使用ex2aro级别的芳香族氨基酸侧链构象库