rosetta蛋白质设计软件中fastrelaxxml怎么写代码
对于Rosetta蛋白质设计软件中的FastRelax.xml文件,以下是一个简单的代码示例:
<ROSETTASCRIPTS>
<SCOREFXNS>
<ScoreFunction name="sfxn" weights="ref2015" />
</SCOREFXNS>
<RESIDUE_SELECTORS>
<Chain name="chainA" chains="A" />
</RESIDUE_SELECTORS>
<TASKOPERATIONS>
<RestrictToRepacking name="repack_only" />
<ProteinInterfaceDesign name="design_interface" design_chain1="chainA" design_chain2="chainA" />
</TASKOPERATIONS>
<FILTERS>
<Sasa name="sasa" confidence="0.5" />
</FILTERS>
<MOVERS>
<FastRelax name="relax" scorefxn="sfxn" repeats="1" />
</MOVERS>
<PROTOCOLS>
<Add mover="relax" />
<Add filter="sasa" />
</PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>
这段代码包含了以下内容:
- 定义了一个名为sfxn的评分函数,使用ref2015权重。
- 定义了一个名为chainA的选择器,用于选择链A中的氨基酸。
- 定义了两个任务操作,repack_only用于限制重组,design_interface用于设计接口。
- 定义了一个名为sasa的过滤器,用于计算溶剂可及表面积。
- 定义了一个名为relax的FastRelax运动器,使用sfxn评分函数进行松弛,重复一次。
- 定义了一个协议,包括relax运动器和sasa过滤器。
这个示例代码可以根据具体需要进行修改,例如更改评分函数、选择器、任务操作、过滤器和运动器的参数等
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