Kulkarni等人提出的基于夹在紧密相邻的脂质单层之间的siRNA的LNP模型中未与siRNA相互作用的离子化脂质可以在LNP中心形成无定形的油相图6C。去质子化的离子化脂质与磷脂和胆固醇等两性分子相比几乎完全是疏水的。一旦离子化脂质去质子化它的行为类似于甘油三酯因此很可能会相分离成脂滴。请注意离子化脂质的游离基衍生物例如图2A中描述的离子化脂质在室温下存在为油。对于含有20 mol％离子化脂质

研究表明，基于夹在紧密相邻的脂质单层之间的siRNA的LNP模型中，离子化脂质可以在LNP中心形成无定形的油相。离子化脂质与磷脂和胆固醇等两性分子相比几乎完全是疏水的，一旦离子化脂质去质子化，它的行为类似于甘油三酯，因此很可能会相分离成脂滴。中性离子化脂质倾向于相分离成为纯疏水环境的事实得到了在不同比例的KC2和POPC在pH∼4和∼7.5 pH下的双层中的MD模拟的支持。在LNP中，siRNA聚集体以非均匀的分布聚集。SANS技术研究了离子化脂质、DSPC和胆固醇在LNPs中的不同空间分布，表明DSPC脂质主要位于LNP表面，胆固醇在表面和核心中广泛分布，离子化脂质主要存在于核心，但也在表面存在一定程度。这些研究表明，不同的LNPs具有非常不同的结构，单个脂质组分显着影响LNP的结构和生物学性质。最终，通过合理设计来改进LNPs的治疗应用成为可能。