是的,gatk4.2版本支持长度大于512M的染色体分析。官方说明档中关于此问题的具体内容如下:

在GATK4.0版本之后,GATK不再限制读取长度小于512M的染色体。在GATK4.2版本中,用户可以使用--split-long-inserts参数在处理长读取数据时进行染色体分割,以避免内存占用过高的问题。

该内容可以在GATK官方网站上的“Release Notes”页面中找到(链接:https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531812-Release-Notes)。

具体来说,可以在“GATK 4.2.0.0”版本的“Fixed issues”一节中找到以下内容:

“Fixed an issue where the engine would throw an exception when processing reads mapped to a contig longer than 512Mbp. The --split-long-inserts option can be used to split contigs longer than 512Mbp into smaller chunks during processing to avoid this issue.”

这段说明表明,在GATK4.2版本中,已经解决了处理长度大于512M的染色体时出现的异常问题,并可以使用--split-long-inserts选项进行染色体分割以避免该问题


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