canu软件运行时的参数设置

Canu软件是一款用于长读长序列组装的软件，其运行时的参数设置可以通过命令行或配置文件进行设置。以下是一些常用的参数及其含义：

1. genomeSize：指定待组装的基因组大小，可以是一个大致的估计值或者一个明确的值，如genomeSize=3g或genomeSize=3000000。

2. corOutCoverage：指定纠错步骤中输出序列的覆盖度，默认值为50。

3. minReadLength：指定过滤掉的最小读长，默认值为2000。

4. corMhapSensitivity：指定mhap纠错步骤的敏感度，默认值为normal。

5. maxMemory：指定Canu使用的最大内存，单位为GB，默认值为32。

6. gridOptions：指定在集群上运行Canu时的参数，如gridOptions="-N myJob -q long.q"。

7. ovlMerThreshold：指定短序列的最小重叠长度，默认值为500。

8. batOptions：指定在运行overlap步骤时使用的参数，如batOptions="-eg 0.0001 -dc 1 -s 25"。

9. corOvlMemory：指定在纠错步骤中用于overlap的最大内存，单位为GB，默认值为16。

10. corThreads：指定用于纠错的线程数，默认值为8。

以上是Canu运行时的一些常用参数设置，具体使用时可以根据实际情况进行调整