用R运行APSIM使其读取csv中的土壤信息并跑出CSV文件中所有站点的结果除了SOIL WATER其他都设置好了土壤信息如下:site lat lon Depth LL15 DUL SAT BDCN02595480 39958 110042 5 0099 0223 0389 134CN02595480 39958 110042 15 0108 0232 0391 136CN02595480 39
由于缺少完整的APSIM模型和输入数据,无法给出完整的代码。以下是大致的流程和代码框架。
- 在R中读取csv文件,将土壤信息存储为一个数据框。
soil_df <- read.csv("soil_info.csv")
- 安装和加载APSIM R包,设置模型运行参数。
install.packages("APSIM")
library(APSIM)
# 模型运行参数
sim_parameters <- list(
simulation_name = "my_simulation",
override_met = TRUE, # 是否使用默认气象数据
datapath = ".", # 数据文件夹路径
soilpath = ".", # 土壤文件夹路径
version = "7413.3", # APSIM版本号
start_date = as.Date("1990-01-01"),
end_date = as.Date("2000-12-31"),
run_type = "auto", # 运行类型(auto或batch)
num_workers = 1 # 并行运行的进程数
)
- 针对每个站点和深度,设置土壤参数,并运行APSIM模型。
for (i in 1:nrow(soil_df)) {
site <- soil_df$site[i]
lat <- soil_df$lat[i]
lon <- soil_df$lon[i]
for (depth in c(5, 15, 30, 60, 100, 200)) {
# 设置土壤参数
soil_parameters <- list(
Site = site,
Latitude = lat,
Longitude = lon,
Depth = depth,
LL15 = soil_df$LL15[i],
DUL = soil_df$DUL[i],
SAT = soil_df$SAT[i],
BD = soil_df$BD[i]
)
# 运行APSIM模型
output <- run_APSIM(sim_parameters, soil_parameters)
# 将结果保存为CSV文件
output_file <- paste(site, depth, "cm.csv", sep="_")
write.csv(output, output_file)
}
}
注意:以上代码仅为示例,实际运行时可能需要根据具体情况进行修改。在运行APSIM模型之前,需要准备好模型文件和其他必要的输入数据。在设置土壤参数时,需要根据模型文件中定义的参数名称进行匹配
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