用R语言计算OTU间相关性时:df_corr - rcorrtotu2 type = spearmanError in rcorrtotu2 type = spearman must have 4 observations怎么办?
这个错误提示说明你的数据样本数不足,少于4个观测值。因此,你需要确保你的数据集otu2中至少包含4个样本(行)和2个OTU(列)。
如果你的数据集确实包含足够的样本,可能是因为数据中存在缺失值或非数值数据导致无法计算相关性。你可以使用以下命令检查数据中是否存在缺失值:
sum(is.na(otu2))
如果输出结果大于0,说明数据集中存在缺失值。可以使用以下命令将缺失值替换为0:
otu2[is.na(otu2)] <- 0
如果数据集中存在非数值数据,可以使用以下命令将其转换为数值型数据:
otu2 <- as.numeric(as.matrix(otu2))
如果以上步骤仍然无法解决问题,请检查你的代码是否有其他错误。
原文地址: https://www.cveoy.top/t/topic/c1Zx 著作权归作者所有。请勿转载和采集!