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假设我们需要研究一种新型药物对癌症患者基因表达的影响。我们可以使用RNA测序技术来分析癌症患者在接受该药物前后的基因表达水平变化。

首先，我们需要收集一组癌症患者的样本，将这些样本分为两组：接受药物组和未接受药物组。然后，我们从这些样本中提取RNA并进行测序，得到每个样本的基因表达谱。

接下来，使用生物信息学工具对基因表达数据进行分析。我们可以使用差异表达分析来比较接受药物组和未接受药物组的基因表达谱，以确定哪些基因受药物影响。

接下来，我们可以使用功能富集分析来确定哪些生物学过程和通路受到药物影响。此外，我们还可以使用网络分析来确定基因之间的相互作用关系，以及哪些基因在癌症治疗中起着关键作用。

最后，通过将这些分析结果与生物学知识库进行比较，我们可以进一步了解药物如何影响癌症患者的基因表达，并从中发现新的治疗策略。