R语言GO富集分析代码示例 | 基因功能富集分析 - 常规

以下是一个使用R语言进行基因富集分析（Gene Ontology Enrichment Analysis）的示例代码：

# 安装并加载所需的包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)

# 输入基因列表
gene_list <- c('Gene1', 'Gene2', 'Gene3', 'Gene4', 'Gene5')

# 进行基因富集分析
enrich_result <- enrichGO(gene = gene_list,
                          OrgDb = org.Hs.eg.db,
                          keyType = 'SYMBOL',
                          ont = 'BP',
                          pvalueCutoff = 0.05,
                          qvalueCutoff = 0.1,
                          readable = TRUE)

# 打印富集结果
print(enrich_result)

请将gene_list替换为您的基因列表，并根据需要调整其他参数，例如pvalueCutoff（显著性阈值）和qvalueCutoff（校正后的显著性阈值）等。这段代码使用clusterProfiler包进行基因富集分析，并使用org.Hs.eg.db包提供的人类基因数据库。

请注意，这只是一个基本的示例代码，实际的基因富集分析可能涉及更多的数据预处理和结果可视化步骤。您可以根据自己的需求进一步扩展和改进这段代码。