diomand进行宏基因组氨基酸序列比对时代码中每一个参数解释
- diamond：使用的比对软件名称。
- blastp：指定使用的比对算法。
- -p：指定使用的 CPU 核心数。
- --query：指定待比对的序列文件路径。
- --db：指定比对数据库的路径。
- --outfmt：指定输出格式。
- --out：指定比对结果输出文件路径。
- --max-target-seqs：指定最大返回的比对结果数目。
- --evalue：指定期望值的阈值。
- --gapopen：指定开放缺口的惩罚值。
- --gapextend：指定延长缺口的惩罚值。
- --matrix：指定使用的比对矩阵。
- --subject：指定比对对象序列文件路径。
- --query-cover：指定查询序列的覆盖率阈值。
- --subject-cover：指定比对对象序列的覆盖率阈值。
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