用 Uparse 软件对所有样品的全部 Effective Tags 序列聚类

1. 首先，需要安装 Uparse 软件，并且准备好所有样品的全部 Effective Tags 序列数据。

2. 在命令行输入以下命令，将所有样品的 Effective Tags 序列合并成一个文件：

cat sample1.effective_tags.fasta sample2.effective_tags.fasta ... > all.effective_tags.fasta

3. 使用 Uparse 软件聚类所有样品的 Effective Tags 序列。以下是一个聚类命令的示例：

usearch -cluster_otus all.effective_tags.fasta -otus otus.fasta -uparseout uparse.log -relabel OTU_

该命令将聚类后的序列保存到 otus.fasta 文件中，并将聚类日志保存到 uparse.log 文件中。OTU_ 是聚类结果中 OTU 序列的前缀。

4. 可以使用 Usearch 的其他命令对聚类结果进行进一步的分析和处理，例如对 OTU 序列进行注释、物种分类等操作。