用diamond 将宏基因组的blastp比对 merops 数据库每一步的代码是什么
以下是使用diamond进行宏基因组的blastp比对merops数据库的步骤:
- 下载diamond程序和merops数据库:
wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.29/diamond-linux64.tar.gz
tar xzf diamond-linux64.tar.gz
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/merops/current_release/merops_scan.lib.gz
gunzip merops_scan.lib.gz
- 创建diamond数据库:
./diamond makedb --in merops_scan.lib --db merops
- 进行blastp比对:
./diamond blastp -d merops -q query.fasta -o output.m8
其中,query.fasta是待比对的宏基因组序列文件,output.m8是比对结果输出文件。
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