翻译：PD measures typically focus on the presence or absence of a species to meas-ure the overall genetic variation within a community without taking into accountthe relative abundance of each species Ho

PD测量通常关注物种的存在或不存在，以衡量社区内的总体遗传变异，而不考虑每个物种的相对丰度。然而，物种丰度提供了关于社区组成的关键附加信息，特别是对于农业生态系统，少数受欢迎的作物品种可能占据大多数景观，而许多其他品种仅占整个作物区域的相对较小部分。为了将物种丰度和物种系统发育距离结合起来，Chao等人(21)推广了传统的系统发育测量方法，并提出了一种基于Hill数的PD测量方法，用于量化“平均有效物种数”，从而统一了许多现有的生物多样性测量方法。

为了计算广义PD，首先使用UPGMA方法（不加权对组方法与算术平均数）基于社区内物种之间的距离构建系统发育树。在主要的作物遗传多样性研究中，分子标记和家系信息都已被用于推导作物品种之间的遗传距离。对于本研究，我们使用COP概念，根据1919年至2019年期间种植的所有美国小麦品种的家系信息推断遗传关系。按照Murphy等人(32)的方法，COP根据以下假设计算品种之间共享遗传物质的比例：1)栽培品种从每个亲本继承一半的基因；2）所有亲本系都是纯合和均质的；3）所有土著品种之间没有关联。将品种i和品种j之间的配对不相似性指数定义为dij，我们可以获得所有小麦品种的配对不相似性矩阵D。基于配对不相似性矩阵，可以为所有美国小麦品种构建系统发育树。利用系统发育树，可以使用Chao等人(21)的方法计算小麦品种社区的广义PD（表示为H）：