举例说明如何利用UPGMA法非加权组平均法根据品种间的距离构建系统发育树
假设有4种动物品种,它们之间的距离如下表所示:
| |猫|狗|猴|熊| |:-:|:-:|:-:|:-:|:-:| |猫|0|10|20|30| |狗|10|0|15|25| |猴|20|15|0|18| |熊|30|25|18|0|
根据UPGMA法,首先需要计算任意两个品种之间的平均距离。以猫和狗为例,它们之间的平均距离为(0+10)/2=5。同理,其他品种之间的平均距离如下表所示:
| |猫|狗|猴|熊| |:-:|:-:|:-:|:-:|:-:| |猫|0|5|20|30| |狗|5|0|15|25| |猴|20|15|0|18| |熊|30|25|18|0|
接下来,找到平均距离最小的两个品种,将它们合并成一个节点,并计算新节点与其他节点的平均距离。例如,猫和狗的平均距离最小,因此将它们合并成一个节点,称为节点A,且节点A与其他节点的平均距离如下表所示:
| |A|猴|熊| |:-:|:-:|:-:|:-:| |A|0|17.5|27.5| |猴|17.5|0|18| |熊|27.5|18|0|
再次找到平均距离最小的两个节点,将它们合并成一个节点,并计算新节点与其他节点的平均距离。例如,节点A与猴的平均距离最小,因此将它们合并成一个节点,称为节点B,且节点B与熊的平均距离如下表所示:
| |B|熊| |:-:|:-:|:-:| |B|0|22.5| |熊|22.5|0|
最后,将节点B和熊合并成一个根节点,构建出系统发育树:
_________
| |
___B___ 熊
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猴 A
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__|__
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猫 狗
因此,根据UPGMA法,可以得到以上的系统发育树。
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