要使用dask读写hdf5文件,需要首先安装h5py和dask库。

下面是一个示例代码,其中数据集为S,shape为7600,7600,300,chunks为(1000, 1000, 100):

import h5py
import dask.array as da

# 生成数据集S
S = da.random.random((7600, 7600, 300), chunks=(1000, 1000, 100))

# 将数据集写入hdf5文件
with h5py.File('S.h5', 'w') as f:
    dset = f.create_dataset('S', shape=S.shape, chunks=(1000, 1000, 100), dtype='f')
    da.store(S, dset)

# 从hdf5文件读取数据集
with h5py.File('S.h5', 'r') as f:
    dset = f['S']
    S = da.from_array(dset, chunks=(1000, 1000, 100))

在这个示例中,我们首先使用dask生成了一个随机的三维数组S,然后使用h5py创建了一个hdf5文件,并将S写入该文件中。在写入数据时,我们指定了与S相同的chunk大小,以便能够充分利用dask的分布式计算能力。

接下来,我们使用h5py打开文件,并读取数据集S。为了将S转换为dask数组,我们使用了da.from_array函数,并指定与S相同的chunk大小。这样,我们就可以使用dask对数据集进行操作了。

需要注意的是,当使用dask和hdf5时,chunk大小的选择非常重要。如果chunk太小,将导致过多的小文件被创建,并降低效率;如果chunk太大,则会消耗过多的内存。因此,需要根据具体情况进行选择。

使用dask读写hdf5文件数据集为Sshape为76007600300选择合适的chunks

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