如何使用DEEPCE预测小分子化合物对基因表达的影响

使用DEEPCE预测小分子化合物对基因表达的影响需要以下步骤：

准备输入数据：需要准备小分子化合物结构和基因表达数据。小分子化合物结构可以使用SMILES字符串或者分子结构文件表示，基因表达数据可以是RNA-seq或者microarray数据。
安装和配置DEEPCE：需要安装和配置DEEPCE软件，可以参考官方文档进行操作。
构建模型：需要使用DEEPCE提供的模型构建工具对模型进行训练和测试。可以根据自己的数据集大小和特点选择不同的模型。
进行预测：使用训练好的模型对新的小分子化合物进行预测，并预测其对基因表达的影响。可以得到一个基因表达变化的列表，其中每个基因都被赋予了一个得分，表示小分子化合物对该基因的调控程度。
结果分析：根据预测结果进行进一步分析，可以寻找与小分子化合物相关的基因通路和生物学过程，并进行实验验证。