改写这段话使之更加通顺：．使用GEO推荐的sratools工具包中的prefetch下载GSE208043数据集中的sra数据；2 应用sratools工具包中的fastq-dump将sra格式文件转换为fastq格式；3 通过fastqc查看测序文件的测序质量；4 使用trim_galore剪去测序文件里面测序质量低的短序列并且去掉接头；5 施用bowtie2将fastq文件映射到下载好的Gen
- 使用GEO推荐的sratools工具包中的prefetch下载GSE208043数据集中的sra数据；
- 利用sratools工具包中的fastq-dump将sra格式文件转换为fastq格式；
- 使用fastqc查看测序文件的质量；
- 使用trim_galore去除测序文件中的低质量短序列和接头；
- 利用bowtie2将fastq文件与下载的Gencode参考基因组进行比对；
- 使用samtools view将比对好的sam文件转换为bam文件；
- 利用samtools sort对比对好的bam文件进行排序；
- 使用sambamba去除bam文件中的PCR重复序列；
- 利用macs2 callpeak检索bam文件中的峰；
- 利用macs2 bdgcmp将macs2 callpeak结果中的bdg文件转换为bw文件；
- 利用IGV查看bw文件中的峰；
- 运行R包ChIPseeker对macs2 callpeak的结果文件进行注释。
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