在R语言里怎么计算观察到的OTU的稀释曲线的列表？用哪个程序包otu表格的格式

在R语言中，计算观察到的OTU的稀释曲线的列表可以使用“phyloseq”程序包。该程序包提供了多种函数来进行OTU的稀释曲线计算，包括“plot_rarecurve”、“estimate_richness”等。在使用这些函数之前，需要将OTU表格转换为“phyloseq”对象格式。具体步骤如下：

1. 安装“phyloseq”程序包，可以使用以下命令：

install.packages("phyloseq")

2. 加载“phyloseq”程序包：

library(phyloseq)

3. 读取OTU表格，可以使用“read.table”或“read.csv”函数：

otu_table <- read.table("otu_table.txt", header = TRUE, row.names = 1)

4. 将OTU表格转换为“phyloseq”对象格式：

physeq <- phyloseq(otu_table, NULL, NULL, NULL)

5. 计算OTU的稀释曲线，可以使用“plot_rarecurve”函数：

plot_rarecurve(physeq)

6. 计算OTU的丰富度估计，可以使用“estimate_richness”函数：

richness <- estimate_richness(physeq)

需要注意的是，OTU表格的格式应该为样本为行，OTU为列的矩阵格式，每个单元格表示在某个样本中某个OTU的丰度。