在Linux系统中，可以通过以下步骤设置MySQL开机自启：

1. 打开终端，使用root权限登录系统；
2. 进入/etc/init.d/目录；
3. 创建mysql启动脚本：touch mysql；
4. 编辑mysql脚本：vim mysql；
5. 在mysql文件中输入以下内容：

#!/bin/bash

description: MySQL Server startup script

chkconfig: 2345 80 90

MYSQL_HOME=/usr/local/mysql case $1 in start) $MYSQL_HOME/bin/mysqld_safe --user=mysql & ;; stop) $MYSQL_HOME/bin/mysqladmin -u root shutdown ;; restart) $0 stop sleep 5 $0 start ;; *) echo "Usage: $0 {start|stop|restart}" exit 1 esac exit 0

6. 保存mysql文件，执行以下命令授权：chmod +x /etc/init.d/mysql；
7. 添加mysql到系统服务：chkconfig --add mysql；
8. 设置mysql开机自启：chkconfig mysql on；
9. 启动mysql服务：service mysql start。

以上步骤可以确保MySQL开机自启，并在系统启动时自动启动MySQL服务。