评估封装AAV基因组质量和大小的快速可靠分析方法

本研究旨在开发快速而可靠的分析方法，以评估封装的腺相关病毒（AAV）基因组的质量和大小。我们采用了标准和加速的样品制备方案，并通过毛细管电泳（CGE，图1）分离释放的DNA分子。

标准工作流程（图1上方）首先利用苯酚酶处理AAV样品，消化掉壳体外的所有核酸污染物。随后，通过过滤（100 kDa截断值）去除酶和所有短链寡核苷酸（约4-6个碱基长）。接下来，标准工作流程利用蛋白酶K破坏壳体，并使用硫酸胍介导的方法纯化释放的DNA。最后，我们使用CGE和激光诱导荧光检测（LIF）分析释放的DNA，以提高灵敏度。

图1下方描述了加速方法，该方法省略了苯酚酶和蛋白酶K处理，仅利用DNA纯化步骤（涉及硫酸胍）进行CGE-LIF分析。