使用 vg 工具构建图形并进行读取比对

本指南介绍如何使用 vg 工具构建图形、索引图形、将读取与图形对齐以及将对齐结果转换为 BAM 文件。

构建图形

vg construct -r small/x.fa -v small/x.vcf.gz > x.vg

存储图形

vg index -x x.xg -g x.gcsa -k 16 x.vg

将读取与图形对齐

vg map -s 'CTACTGACAGCAGAAGTTTGCTGTGAAGATTAAATTAGGTGATGCTTG' -x x.xg -g x.gcsa > read.gam

模拟读取

vg sim -n 1000 -l 150 -x x.xg > x.sim.txt

将模拟读取与图形对齐

vg map -T x.sim.txt -x x.xg -g x.gcsa > aln.gam

将对齐结果转换为 BAM 文件

vg surject -x x.xg -b aln.gam > aln.bam

或在 map 命令中一步完成对齐并转换为 BAM

vg sim -n 1000 -l 150 -x x.xg > x.sim.txt
vg map -T x.sim.txt -x x.xg -g x.gcsa --surject-to bam > aln.bam