基因组分析命令行工具：主映射和调用流程

这是一个关于基因组分析的命令行工具的主要映射和调用流程。以下是各个子命令的功能说明：

• autoindex：从交换格式构建面向映射工具的索引
• construct：构建图形结构
• rna：构建剪接图和全转录组
• index：为随机访问或映射索引图形或比对结果
• map：基于MEM（最大精确匹配）的读取比对
• giraffe：快速的基于单体型的短读取比对
• mpmap：支持剪接的短读取多路径比对
• augment：从比对结果中增加图形
• pack：将比对结果转换为紧凑的覆盖索引
• call：调用或基因型化VCF变异
• help：显示所有子命令

这些子命令提供了一系列功能，用于处理基因组数据、构建图形结构、比对读取、调用变异等。使用这些子命令可以根据实际需求组合成不同的数据分析流程。