Python Biopython DSSP库使用报错：PermissionError: [Errno 13] Permission denied: 'dssp'解决方法

这个报错说明程序无法运行 'dssp' 程序，可能是权限问题或者是没有安装 'dssp' 程序。需要确认是否已经安装 'dssp' 程序，并且程序是否有运行权限。如果没有安装，则需要安装 'dssp' 程序；如果已经安装但是没有运行权限，则需要修改程序运行权限。

以下是可能的解决方法：

1. 检查 dssp 程序是否安装：

   • 可以使用 which dssp 命令检查 'dssp' 程序是否已安装，如果返回路径则已安装，否则需要安装。

2. 检查 dssp 程序运行权限：

   • 使用 ls -l dssp 命令查看 'dssp' 程序的权限，如果权限不足，可以使用 chmod +x dssp 命令修改权限，赋予其执行权限。

3. 安装 dssp 程序：

   • 可以通过系统包管理器（例如 Ubuntu 的 apt 或 Fedora 的 dnf）安装 'dssp' 程序，具体命令取决于你的操作系统和包管理器。
   • 也可以从官方网站下载 'dssp' 程序，并按照官方文档进行安装。

4. 修改代码中使用 DSSP 的部分：

   • 确保代码中的 'dssp' 路径指向正确的可执行文件。
   • 可以尝试使用 subprocess.check_output 执行 'dssp' 程序，并捕获输出结果。

如果以上方法都不能解决问题，可以尝试查看程序运行环境的配置，并根据具体的错误信息进行排查。