ChIP-seq 数据分析流程：从 SRA 下载到峰注释

使用 GEO 推荐的 sratools 工具包中的 prefetch 下载 GSE208043 数据集中的 sra 数据；
利用 sratools 工具包中的 fastq-dump 将 sra 格式文件转换为 fastq 格式；
使用 fastqc 查看测序文件的质量；
使用 trim_galore 去除测序文件中的低质量短序列和接头；
利用 bowtie2 将 fastq 文件与下载的 Gencode 参考基因组进行比对；
使用 samtools view 将比对好的 sam 文件转换为 bam 文件；
利用 samtools sort 对比对好的 bam 文件进行排序；
使用 sambamba 去除 bam 文件中的 PCR 重复序列；
利用 macs2 callpeak 检索 bam 文件中的峰；
利用 macs2 bdgcmp 将 macs2 callpeak 结果中的 bdg 文件转换为 bw 文件；
利用 IGV 查看 bw 文件中的峰；
运行 R 包 ChIPseeker 对 macs2 callpeak 的结果文件进行注释。