CentOS 上使用 Intel 编译器编译 GPU 版本 GROMACS 2023

以下是使用 Intel 编译器在 CentOS 系统上编译 GPU 版本 GROMACS 2023 的详细步骤：

安装必要的软件包和依赖项

首先，需要安装一些必要的软件包和依赖项。可以使用以下命令安装它们：

sudo yum install epel-release
sudo yum install cmake gcc-c++ gcc-gfortran git hwloc-devel libmpc-devel mpfr-devel ncurses-devel openssl-devel patch perl perl-core perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Thread-Queue pkgconfig readline-devel sqlite-devel tar zlib-devel

下载并解压 GROMACS 2023 源代码

接下来，需要下载 GROMACS 2023 源代码。可以使用以下命令下载源代码：

wget https://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2023.tar.gz
tar zxf gromacs-2023.tar.gz
cd gromacs-2023

配置编译环境

在编译 GROMACS 之前，需要设置编译环境。可以使用以下命令配置环境：

module load intel/2021.2
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

此命令将加载 Intel 编译器，并设置必要的环境变量。

配置 GROMACS 编译选项

接下来，需要使用 cmake 配置 GROMACS 编译选项。可以使用以下命令配置选项：

mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=OFF -DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_EXTERNAL_BLAS=OFF -DGMX_EXTERNAL_LAPACK=OFF -DGMX_CUDA_TARGET_SM=60 -DGMX_USE_RDTSCP=OFF

这将为 GROMACS 启用 GPU 支持，并使用 Intel 编译器进行编译。

编译和安装 GROMACS

最后，使用以下命令编译和安装 GROMACS：

make -j 4
sudo make install

这将使用 Intel 编译器编译和安装 GROMACS。

完成上述步骤后，GPU 版本 GROMACS 2023 就已经编译好了。可以使用相应的命令测试和运行它。