Rosetta Relax 简单教程：快速优化蛋白质结构

这篇教程将指导你如何使用 Rosetta 的 FastRelax 算法对蛋白质结构进行简单的能量最小化优化 (relax)。

示例 RosettaScript 脚本

你提供以下 RosettaScript 脚本是一个良好的开端：

<ROSETTASCRIPTS>
    <SCOREFXNS>
        <ScoreFunction name='scorefxn' />
    </SCOREFXNS>
    <TASKOPERATIONS>
        <ResidueTypeRestriction name='no_design' />
    </TASKOPERATIONS>
    <FILTERS>
        <Sasa name='sasa' />
    </FILTERS>
    <MOVERS>
        <FastRelax name='example1' relaxscript='default' />
    </MOVERS>
    <PROTOCOLS>
        <Add mover='example1' />
    </PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>

说明:

SCOREFXNS: 定义了用于评估蛋白质结构能量的得分函数。默认情况下，使用 Rosetta 的标准得分函数。
TASKOPERATIONS: 定义了对蛋白质结构进行的操作，例如哪些残基可以被设计或移动。'no_design' 意味着不会进行任何设计。
FILTERS: 定义了用于评估蛋白质结构特性的指标，例如 SASA (溶剂可及表面积)。
MOVERS: 定义了用于修改蛋白质结构的算法，例如 FastRelax。
PROTOCOLS: 定义了如何组合不同的 Movers 和 Filters 来执行特定的任务。

如何使用脚本

指定输入结构文件: 你需要修改脚本，在 <FastRelax> 标签中添加 input_file 参数，指定你的蛋白质结构文件 (PDB 格式)。

运行 Rosetta: 使用 Rosetta 命令行工具运行脚本，例如：

rosetta_scripts.static.linuxgccrelease -parser:protocol your_script.xml -in:file:s your_input.pdb -out:path:all your_output_dir

自定义脚本

自定义 ScoreFunction: 你可以在 <ScoreFunction> 标签中指定不同的得分函数，或者使用 <Reweight> 标签调整现有得分函数的权重。
自定义任务操作: 你可以使用其他任务操作，例如 <PackRotamers> 进行侧链堆积，或者 <RestrictToRepacking> 将操作限制为只对侧链进行重排。

常见问题

脚本没有指定输出文件: 你需要使用 -out:path:all 参数指定输出目录，Rosetta 会自动生成输出文件名。
需要使用特定的 ScoreFunction 或任务操作: 你需要在 <SCOREFXNS> 和 <TASKOPERATIONS> 中定义并调用它们。

希望这篇教程能帮助你使用 Rosetta 进行蛋白质结构优化!